Nació en Nueva Helvecia el 28 de mayo de 1945, hijo del comerciante rural Octavio Zimmer y de María Rosa González.

Estudió en la Escuela Pública Nº 10 y cursó el primer año de Educación Secundaria en el Liceo de Nueva Helvecia, culminando sus estudios secundarios en el Liceo "Daniel Armand Ugón" de Colonia Valdense. A los 17 años de edad ingresó a la Universidad de la República, inclinándose siempre por la cirugía.

Tomando a Daniel Fernández Crespo y a Adolfo Tejera como puntos de referencia, comenzó a participar de actividades políticas siguiendo la línea independiente no herrerista del Partido Nacional. A finales de la década del 60, ante la crisis de los cuadros dirigentes nacionalistas de entonces, participó en las actividades de la naciente izquierda uruguaya. Posteriormente discrepó con lo que consideró era una dirigencia verticalista y retornó a tiendas del nacionalismo. Se recibió de médico en 1974 y comenzó a ejercer en el Hospital Pasteur de Montevideo.

En mayo de 1979 culminó su especialización en cirugía y posteriormente se recibió de endoscopista. El 14 de junio de ese año se radicó en Colonia junto a su familia. Como médico se desempeñó en varios cargos, llegando a ser Presidente de la Asociación Médica de Colonia. Pertenece al Comité Científico de la Sociedad de Cirugía.

Padre de tres hijas: Karen, Erika y Kirsten y abuelo de Sofía, Anika y Bruno.

Liderando la lista 1904, el Dr. Zimmer obtuvo el respaldo de ocho mil voluntades, logrando cuatro bancas en la Junta Departamental de Colonia y asumiendo la titularidad de la Secretaría de Acción Social de la Intendencia, cargo que ocupó hasta las elecciones municipales del año 2005, en las que el Dr. Walter Zimmer encabezó la “Lista 19”, con la cual se había iniciado en la política su padre. Con más de 25.000 votos resultó electo Intendente de Colonia, cargo que desempeña en la actualidad.

El 8 de julio asumió su segundo período como Intendente, tras ser reelecto en las elecciones del 9 de mayo de 2010.